Ritornata sulla Terra l'Enterprise scopre che il mondo è caduto in uno stato di profonda crisi ed emergenza a causa di una misteriosa forza che ha fatto esplodere l'intera flotta e la sua organizzazione. Mentre la Terra brucia tra le fiamme della guerra, il Capitano Kirk dovrà dare inizio ad una caccia senza quartiere ad un'arma umana di distruzione di massa: tutte le sue certezze e quelle del suo equipaggio verranno messe a dura prova.