La vita di Blu e Jewel scorre serena a Rio De Janeiro dove si sono stabiliti dando alla luce tre figlioletti. Jewel è però decisa a mostrare ai propri piccoli cosa voglia dire vivere nel loro vero habitat convincendo così Blue a partire per un viaggio alla volta dell'Amazzonia. La famiglia dovrà presto adattarsi ad un'esistenza nuova e ricca di avventure mentre in Blue iniziano a crescere ansie e paure.