Il pianeta Terra si trova nuovamente in pericolo e, ovviamente, sono gli agenti Men In Black J e K a dover risolvere la situazione prima che si troppo tardi. Qualcosa però non va per il verso giusto e, in un presente che pare essere alternativo, K è morto da anni. A J non rimane altro che intraprendere un viaggio nel tempo per salvare il suo partner ed arrivare a scoprire così, accanto ad un giovanissimo K, i più strabilianti ed inquietanti segreti del cosmo fino ad evitare il peggio.