Già prigioniera del colonnello Muska a bordo della sua aeronave, la giovane Sheeta viene attaccata da un gruppo di pirati il cui scopo è quello di impossessarsi del prezioso gioiello che indossa. Il particolare ciondolo ha il potere di annullare la forza di gravità e localizzare l'isola fluttuante di Laputa dove si racconta siano custoditi preziosi tesori ed un grande potere. Nel trambusto dell'attacco Sheeta riesce però a fuggire e trova l'aiuto di un minatore che, unendosi a lei nella ricerca della leggendaria isola, s'impegnerà a proteggerla da ogni pericolo.